Phim Thanh Tra Bí Mật là một bộ hài lãng mạn lấy bối cảnh phòng kiểm toán của tập đoàn đa quốc gia top đầu, nơi mỗi báo cáo tài chính đều là trận chiến giữa sự minh bạch và lợi ích nhóm ngầm.
Nhân vật Joo In-ah – trưởng phòng kiểm toán hiện tại – là người mà ai nhìn vào cũng phải gật gù: phong thái chuyên nghiệp, nụ cười lịch thiệp nhưng luôn giữ khoảng cách, làm việc cực kỳ gắt gao nhưng lại có sức hút kỳ lạ khiến người đối diện vừa nể sợ vừa không rời mắt. Cô nắm quyền kiểm soát mọi dòng tiền ra vào của tập đoàn, là "cái gai trong mắt" của những nhóm lợi ích muốn làm liều, nhưng đằng sau lớp mặt nạ hoàn hảo ấy, cô đang giấu một bí mật cá nhân không dám để lộ với bất kỳ đồng nghiệp nào. Bí mật này không chỉ ảnh hưởng đến sự nghiệp của cô mà còn liên quan trực tiếp đến tương lai của cả tập đoàn, là lý do khiến cô luôn phải cân nhắc từng bước đi, không dám quá mạo hiểm dù năng lực thực tế vượt xa những gì đồng nghiệp thấy.
Bên cạnh In-ah là Noh Ki-joon, người từng là "át chủ bài" của chính phòng kiểm toán này. Trước đây, Ki-joon là cái tên được sếp lớn gọi đến đầu tiên mỗi khi có vụ việc hóc búa nhất: anh nhìn qua một bảng tính là biết ngay đâu là con số khống, đâu là dòng ghi chú che giấu sai phạm, từng giải quyết hàng loạt vụ tham nhũng cấp trung mà không cần dùng đến biện pháp mạnh. Thế nhưng một ngày đẹp trời, anh bỗng dưng bị tước hết chức vụ, giáng xuống làm nhân viên thường, bị giao toàn bộ những vụ bê bối "xương xẩu" mà cả phòng đều tránh xa: thất thoát ngân sách dự án mở rộng, hối lộ đối tác nước ngoài, sai phạm trong quy trình đấu thầu... tất cả đều là những hố đen mà tầng lãnh đạo không muốn ai đào sâu, nhưng lại lôi ra làm lý do để gạt Ki-joon ra rìa.
Cuộc gặp gỡ giữa hai người vốn đã đầy gai góc: In-ah coi sự sa sút của Ki-joon là lời cảnh tỉnh cho mình, kiên quyết không để lộ chút sơ hở nào; còn Ki-joon thì cho rằng In-ah chỉ là kẻ cứng nhắc tuân theo quy trình, dám không dám đụng chạm đến những kẻ có quyền lực. Nhưng càng điều tra những vụ bê bối mình được giao, Ki-joon càng phát hiện ra tất cả đều có mối liên hệ mờ ám với quá khứ của In-ah, còn bí mật của cô cũng dần lộ ra trước mắt anh theo cách không ai ngờ tới. Từ hai người từng coi nhau là đối thủ, họ buộc phải ngồi lại hợp tác – vừa để lật tẩy những sai phạm đang ăn mòn tập đoàn, vừa để bảo vệ bí mật riêng của mình. Những phân cảnh cãi vã nảy lửa, những tình huống dở khóc dở cười khi cùng đi điều tra thực tế – từ việc phải giả làm cặp đôi hẹn hò để tiếp cận nghi phạm, đến lúc cùng trốn trong kho hàng để tránh bị phát hiện – rồi cách họ dần thấu hiểu những gánh nặng mà đối phương đang mang, tạo nên phần hài hước và lãng mạn tự nhiên nhất của phim, không cần kỹ xảo hay tình tiết giật gân rườm rà.