Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Kaname Madoka, một cô gái trung học bình thường nhưng đầy hi vọng và ước mơ. Cuộc sống của Madoka trở nên thú vị hơn khi cô gặp được một sinh linh bí ẩn tên Kyubey, mang hình dạng giống như một con mèo dễ thương.
Kyubey giới thiệu bản thân là một thực thể đến từ thế giới khác, có khả năng trao cho các cô gái sức mạnh phép thuật để họ trở thành "Puella Magi" (còn gọi là Mahou Shoujo), hay còn hiểu đơn giản là những cô phù thủy trẻ tuổi. Với điều kiện duy nhất là phải sử dụng sức mạnh này để chiến đấu chống lại những sinh linh bóng tối gọi là "Witch", những kẻ gây ra sự tuyệt vọng và đau khổ trong lòng mọi người.
Madoka sớm nhận ra rằng việc trở thành Puella Magi không chỉ đơn thuần là sở hữu sức mạnh ma thuật mà còn đi kèm với nhiều thử thách và nguy hiểm tiềm tàng. Những cô gái đã chấp nhận đề nghị của Kyubey đều phải đối mặt với áp lực lớn khi chiến đấu bảo vệ thế giới khỏi bóng tối, đồng thời cố gắng giữ gìn hy vọng và niềm tin vào tương lai.
Khi tham gia vào thế giới của những Puella Magi, Madoka cũng làm quen với nhiều nhân vật khác nhau, mỗi người đều có lý do riêng và động cơ sâu xa để trở thành những nữ pháp sư quyền năng. Mỗi nhân vật đều có câu chuyện cá nhân độc đáo, từ sự khao khát tình yêu và chấp thuận, tới mong muốn vượt qua nỗi sợ hãi và đạt được tự do thật sự.
Tuy nhiên, bên cạnh những khoảnh khắc hạnh phúc và cảm giác mạnh mẽ khi chiến thắng, Madoka và bạn bè của mình dần khám phá ra những bí mật đen暗 đằng sau thỏa thuận với Kyubey. Họ phải trả giá bằng cái gì đó rất quý giá để đổi lấy sức mạnh và liệu công việc của một Puella Magi có thực sự xứng đáng?
"Cô gái phép thuật Madoka" là bộ phim anime nổi bật bởi cách kể chuyện độc đáo, pha trộn giữa yếu tố tưởng tượng và hiện實 xã hội. Bộ phim đặt ra nhiều vấn đề triết lý và tâm lý sâu sắc, khiến khái niệm về "hạnh phúc" và "hy sinh" trở nên phức tạp hơn bao giờ hết. Qua hành trình của Madoka và những người bạn xung quanh, chúng ta được chứng kiến một cuộc phiêu lưu vừa hấp dẫn vừa đầy ý nghĩa, nơi mà ranh giới giữa ánh sáng và bóng tối bị模糊 hóa, và giá trị của hy vọng cùng tình bạn được kiểm nghiệm trong những hoàn cảnh khó khăn nhất.