Sau khi成功 ngăn chặn âm mưu cưỡng hôn của Bowser trong lần đầu tiên, Mario và Luigi tưởng như đã tìm lại bình yên. Thế nhưng, người cha của người khổng lồ xanh lại không chịu đầu hàng. Một mối đe dọa mới, non nớt nhưng cực kỳ nguy hiểm, đã từ trong bóng tối nhảy vọt ra: Bowser Jr., đứa con trai duy nhất và là hậu duệ của dòng họ Koopa. Khát vọng lớn nhất của cậu bé người gấu không đơn thuần là giải thoát cha. Đằng sau sự quyết tâm ấy là một tham vọng sâu sắc: muốn khôi phục lại toàn vẹn "gia sản gia tộc" của họ – một vương quốc bạo tàn mà cha mình đã xây dựng, và một danh dự mà cậu cho rằng phe Mario đã xúc phạm. Trong mắt Bowser Jr., đây không chỉ là một cuộc giải cứu, mà còn là một cuộc thập tự chinh cá nhân để chứng minh mình xứng đáng với cái tên "con trai của Vua Rùa". Hành trình ngăn chặn cậu ta trở nên phức tạp gấp bội. Mario và Luigi không còn đơn độc. Họ lại một lần nữa hợp tác với những người bạn cũ đáng tin cậy: cô hoa hậu Peach, lòng tốt bao la của Toad, và sức mạnh phép thuật kỳ diệu của Toadette. Trong chuyến phiêu lưu xuyên thiên hà lần này, họ còn có sự gia nhập của những đồng minh mới, xuất hiện từ những hành tinh xa lạ – như một phi hành gia lập dị từ hệ mặt trời băng giá, hay một thợ rèn thiên tài từ hành tinh cơ học. Từ những cung đường băng tuyết xa xôi, vượt qua những thành phố ánh sáng rực rỡ, cho đến các cấu trúc cổ xưa lấp lánh trên those sa mạc tinh thể, hai anh em phải liên tục thích nghi. Mỗi thế giới là một thử thách khác nhau, do Bowser Jr. và lực lượng ủng hộ trẻ tuổi của cậu - với những chiến thuật đầy bạo lực và sáng tạo - thiết kế ra. Cuộc đối đầu không còn chỉ diễn ra trong lâu đài của Bowser nữa. Nó đã trải rộng ra khắp dải ngân hà. Mario và Luigi phải chạy, nhảy, lao đầu và sử dụng mọi món đồ mới kỳ diệu để bắt kịp đối thủ trẻ, trong khi vẫn phải tìm cách đối phó với những âm mưu tinh vi hơn của cha con nhà Koopa. Họ không chỉ chiến đấu để cứu lịch sử, mà còn để ngăn một người trẻ tuổi đi con đường phá hủy, và chứng minh rằng sự bảo vệ chính nghĩa, dù qua bao nhiêu vũ trụ, vẫn luôn xứng đáng để đấu tranh.