Orphan Black: Echoes đưa khán giả vào thế giới của những bản sao hoàn hảo, nơi quyền quyết định về danh tính con người đã trở thành công cụ của sự vận động bí mật. Lucy, một nữ hoài niệm chững chắc bị cuốn vào mênh môi của ký ức bị ẩn với quá khứ, phát hiện ra cơ thể mình chứa đựng những phân tử gen ghi nhớ tích tụ trong năm tháng bị xóa sổ. Khi những dấu vết của một chương trình thử nghiệm học sinh ánh sáng lấp ló qua mắt nữ, cô tìm thấy Jules – bóng immortal của chính mình – trong một phòng thí nghiệm đổ xương dưới lòng đất. Sự kết tụ của hai nhân vật không chỉ là sự đối đầu với bản chất xơ xác của sự sao chép, mà còn là cuộc đầu nhau đòn bẩy qua lại để kiểm soát những gì là "mình" và "người khác".
Trong khi đó, Kira Manning – đứa trẻ được sinh ra từ những phức hợp của sự hybrid hành tinh – cố gắng duyệt các tệp bí mật bị giam trong phần mềm thuần khích. Cô không nhận ra rằng mình đang lấy cảm hứng từ những dòng chảy gen của chính Lucy, hay rằng bản thân cô cũng là một sản phẩm phụ thuộc vào quá khứ oan hồn. Các tương tác giữa hai thế hệ phụ nữ đan xen với nhau qua các cuộc gọi điện thoại bị gãn mã số, những bức ảnh lạc vào góc đọng của các buổi họp bành ngang, và những câu hỏi vang vọng trong đêm tĩnh lặng: "Ai quyết định chúng ta là ai?".
Góc Tối Nhân Bản không chỉ là nơi nảy mầm của các dòng chảy chính trị – nơi mạng lưới chính trị giấu ngoài vẻ ngoắc của các tòa nhà thấp thár. Nó còn là không gian để các nhân vật khám phá ra rằng tính đa dạng của con người không phải là kết quả của may mắn, mà là sự chỉ định. Mỗi lần Lucy nhìn vào tấm gương, cô thấy không gian giữa hiện thực và giấc mơ bị rách vạch bởi tiếng rít của những thử nghiệm chưa dứt. Còn Jules thì đang viết một bản nhạc không lời bằng cách ghép nối các xét nghiệm sinh học – bài hát duy đơn cho sự vô nhân.
Câu chuyện cuốn xuất phát từ một câu hỏi xử lí trước khi một trẻ em sinh ra: "Nếu bạn không thể nhớ nơi mình đến từ, bạn có đang tồn tại thực sự?". Orphan Black: Echoes không chỉ là câu chuyện về việc sao chép – mà là câu chuyện về sự biến tấu của chính sự sao chép.